1、由於是獨立法人,因此子公司無論是虧損或者是盈利都不能直接衝減或彌補母公司的盈利或虧損;
2、子公司向母公司交納的利潤或者分紅以及母公司向子公司收取的管理費等各項費用,母公司不允許在稅前扣除,亦即均要計稅;
3、母、子公司發生的資產轉移,均需徵稅;
4、母、子公司發生的關聯交易不好處理,不能按內部往來處理,不能按照總分公司模式合併報表。
5、由於集團公司與子公司一方面同屬同一企業集團,都要服從整個企業集團戰略規劃和利益目標;另一方面作爲獨立經營的法人,企業集團內的母子公司都要追求本公司利益最大化,在子公司不是集團公司全資公司的情況下,子公司追求自身利益最大化的行爲可能會影響到母公司的整體利益。即便是全資子公司,作爲獨立經營的法人,其高層決策層在決策時有時也會迫於適應集考覈機制的需要等因素,從子公司本位出發,圍繞母公司的考覈指標來確定自身經營發展的目標,這種追求有時與整個集團的利益是不一致的。這樣,母子公司的模式勢必存在着整個企業集團利益、目標與成員企業單個獨立法人利益、目標的矛盾,這個矛盾同樣反映在企業集團母子公司在融資方式的取捨上。